Фамилия Хатту — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями, и это ставит её в один ряд с фамилиями, которые появились на карте России в результате миграций или межэтнических контактов.

Словообразовательный разбор фамилии указывает на её иноязычную основу. В русской традиции фамилии на -у, как правило, не склоняются и часто являются заимствованными. Суффикса -ов/-ев или -ин здесь нет, что исключает классическую модель «сын такого-то». Скорее всего, фамилия сохранила исходное звучание языка-источника. Наиболее правдоподобная версия связывает её с финно-угорскими языками. В карельском, вепсском или финском языках слово «hattu» означает «шляпа», «шапка», «головной убор». Прозвище Хатту мог получить человек, носивший заметный, необычный головной убор, либо занимавшийся их изготовлением — шапочник или шляпник. Такие прозвища были распространены в северо-западных регионах России, где исторически жили карелы, ижора или вепсы.

Менее вероятна, но возможна тюркская версия. В некоторых тюркских языках «хатту» может означать «письмо», «грамота» или «линия». Однако для фамилии такая основа встречается реже, чем прозвище по внешнему признаку. Географически фамилия Хатту тяготеет к Карелии, Ленинградской области и, возможно, к Прибалтике. Встречается она и у потомков ингерманландских финнов, переселявшихся в Сибирь в XX веке.

В русской среде фамилия могла подвергнуться вторичному осмыслению: её могли записать на слух как «Хатун» или «Хату», а в документах — исказить до «Хатту». Сегодня это одна из тех фамилий, которые хранят память о малых народах и ремёслах, почти исчезнувших из современного быта.