Фамилия Хернахеров — редкий случай, когда основа явно указывает на иноземное происхождение, а русский суффикс «-ов» встраивает её в привычную для нас модель. Скорее всего, перед нами пример адаптации нерусской фамилии, которая в исходном виде звучала иначе.

Если отбросить суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа «Хернахер». В ней легко угадывается немецкая или австрийская фамилия, сложенная из двух частей: «Херн» (Herrn — господин, или, возможно, от «Herren» — господа) и «Ахер» (Acher — поле, пашня, или, реже, фамилия Ахер). Вместе это могло означать «господское поле» или указывать на человека, жившего у такого поля. В немецком языке есть фамилия Herrnacher, которая могла быть записана на слух как «Хернахер». В таком случае «Хернахеров» — это уже русская форма от неё, означающая «сын (или потомок) Хернакера» или «из семьи Хернакеров».

Другая, менее вероятная версия — связь с венгерской фамилией Hernádi (от названия реки или местности Хернад), которая при адаптации в русской среде могла исказиться до «Хернакер» и получить суффикс «-ов». Но такое преобразование менее типично, так как венгерские фамилии чаще оканчиваются на -и, и их русификация шла бы иначе.

Географически фамилия тяготеет к югу России или к Поволжью, где в XVIII–XIX веках селились немецкие колонисты. Если предки носителя фамилии были выходцами из немецких колоний, то их социальный статус чаще всего был крестьянским или ремесленным. Однако не исключено, что фамилия могла появиться и через брак или службу: немецкий мастер или офицер, перешедший на русскую службу, мог получить фамилию, которую потом русифицировали его дети.

Из-за редкости фамилии каких-либо известных исторических носителей с уверенностью назвать нельзя. В документах она почти не встречается, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — каждая запись будет уникальной.