Фамилия Химушкин — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое имя, а разговорное прозвище, причём с неочевидной этимологией. Самое правдоподобное объяснение отталкивается от слова «химушка». В русских говорах так называли не только ласково «химика» (что маловероятно для крестьянской среды), но и хитрого, изворотливого человека, «хитрушку». Сравните с однокоренными «химить» (хитрить, изворачиваться) и диалектным «химус» — обман, плутовство. Таким образом, Химушка — это прозвище ловкача или проныры.

Суффикс -ин указывает на типичную восточнославянскую модель: Химушкин буквально означает «сын Химушки», то есть потомок человека с этим прозвищем. Форма на -ин, а не на -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на -а/-я (Химушка), а не на твёрдый согласный. Такие фамилии чаще всего возникали в северных и центральных областях России, где притяжательные прилагательные на -ин были особенно распространены.

Есть и более простая, но менее вероятная версия: от уменьшительной формы имени Ефим — Хима. В народной речи Ефим мог превращаться в Химу, а от неё — в Химушку. Однако в этом случае логичнее ожидать фамилию Химушкин от имени Химка (ср. Ефимкин), а форма с -ушк- скорее характерна для прозвищ, а не для сокращений имён.

В дореволюционных переписях фамилия Химушкин встречается крайне редко. Основной ареал — южные районы Рязанской области и прилегающие территории Тамбовщины, где в XIX веке фиксировались крестьяне и однодворцы с этой фамилией. Сословная принадлежность предков — почти наверняка крестьянская, так как в дворянской среде фамилии с прозвищной основой на -ушка не были приняты.