Фамилия Хиноцкий — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное. В пользу этого говорит суффикс -цк(ий), типичный для польской и западнорусской шляхты, а также для фамилий, образованных от названий населённых пунктов. Скорее всего, перед нами «выезжая» фамилия: предок получил её по месту, откуда был родом или где владел землёй.

Наиболее вероятная основа — топоним Хиноцк или Хиноцка. Такие названия встречаются в исторических областях Польши и Беларуси. Например, в Мазовецком воеводстве есть деревня Хиноць (Chynów), но форма с суффиксом -ск- могла дать и более мелкое поселение. Корень «хин-» не славянский и вызывает споры. Самая правдоподобная версия — от личного имени Хина, уменьшительной формы от греческого имени Афиноген (буквально «рождённый Афиной») или от Иоаким. В польском языке «chyn» могло означать «хитрец» или «ловкач», но для фамилии на -цкий это менее типично.

Если же отталкиваться от польской модели, фамилия Хиноцкий могла возникнуть и без географической привязки — как прозвище владельца поместья Хиноце. В любом случае, носитель такой фамилии в XVI–XVII веках, скорее всего, относился к мелкопоместной шляхте или однодворцам, а не к крестьянам. Суффикс -цкий в русской среде часто указывает на более высокий социальный статус предка по сравнению с фамилиями на -ов и -ин.

В современной России фамилия встречается редко, что подтверждает её узколокальное происхождение. Вариант написания с «о» под ударением (Хино́цкий) закрепился, вероятно, под влиянием русского произношения, хотя в польском ударение падало бы на второй слог. Спектр однокоренных фамилий — Хинов, Хинский, Хиневич — позволяет предположить, что все они восходят к одному корню, но разошлись по разным регионам и сословиям.