Фамилия Хлудунёв — редкий случай, когда исходное прозвище почти наверняка связано с физическим недостатком, но не с тем, который сразу приходит на ум. Основа здесь — не «хлудой» (худой), а диалектное слово «хлудун» или «хлудырь». В северных и сибирских говорах так называли хромого, человека с больной ногой, который ходит вразвалку, прихрамывая. Глагол «хлудать» означал «ковылять, идти с трудом». Таким образом, Хлудун — это прозвище, данное по заметной походке, и уже от него через патронимический суффикс -ёв (вариант -ев после мягкого согласного) образовалась фамилия Хлудунёв.

Суффикс -ун в основе выдаёт прозвище, характеризующее человека по действию или состоянию (ср. «бегун», «крикун», «молчун»). В рязанских и тамбовских говорах слово «хлудун» имело ещё одно значение — «лентяй, бездельник», но оно вторичное и, скорее всего, возникло из наблюдения за тем, как хромой человек медлителен. Первичное значение — хромота — подтверждается и тем, что фамилия встречается в зонах традиционного бытования севернорусских говоров: в Архангельской, Вологодской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли это слово.

Интересно, что фамилия избежала путаницы с однокоренной, но другой по смыслу фамилией Хлудов. Хлудов происходит от «хлуд» — жердь, шест, и давалась высокому и худому человеку. Хлудунёв же — про походку, а не про телосложение. В документах XVII века, например, в переписных книгах Устюга Великого, встречаются крестьяне с прозвищем Хлудун, что подтверждает древность и именно северное происхождение основы. Носители фамилии Хлудунёв почти наверняка происходят из среды крестьян или посадских людей Русского Севера, где меткое бытовое прозвище легко становилось родовым именем.