Фамилия Хлытина — женская форма, а в её основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Хлыт. Такие имена на Руси давали не при крещении, а в быту, и они часто звучали резко, даже грубовато. Корень здесь — глагол «хлыстать» (стегать, бить, хлестать) или существительное «хлыст» (прут, розга). Прозвище Хлыт мог получить человек вспыльчивый, резкий в движениях или, напротив, тот, кто занимался плетением чего-то гибкого — корзин, например. Иногда так называли долговязого, худого человека — по ассоциации с длинным прутом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хлытин, то есть сын или потомок Хлыта. Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по отцу. В отличие от дворянских фамилий на -ов/-ев, фамилии на -ин чаще образовывались от основ на -а, -я, что и произошло здесь.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там слово «хлыт» могло иметь и диалектный оттенок — в некоторых говорах так называли бродягу или проныру. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с названием реки Хлыновки (от неё пошло название города Хлынов, будущей Вятки), но для формы Хлытина это слишком далёкая аналогия.

Социальный контекст простой: носители фамилии принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. Никаких громких дворянских родов с такой фамилией не известно. В дореволюционных переписях Хлытины записаны как государственные крестьяне, реже — как ремесленники. Фамилия не редкая, но и не массовая, что говорит о локальном происхождении прозвища.