Фамилия Хоченкова — один из тех случаев, когда женская форма фамилии почти полностью вытеснила мужскую в бытовом употреблении, но этимологически разбирать её удобнее через мужской вариант — Хоченков. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Хоченков», то есть сын или потомок человека по прозвищу Хоченок.

В основе фамилии лежит прозвище Хоченок. Самое правдоподобное объяснение — от глагола «хотеть» в его древнерусском значении «желать, стремиться». Хоченком могли назвать человека настойчивого, упрямого в своих желаниях, того, кто «хочет по-своему». В русских говорах слово «хотень» означало «желание, охота», а «хотун» — «охотник до чего-либо». Суффикс -енок в прозвищах часто имел уменьшительно-ласкательный или, наоборот, ироничный оттенок: Хоченок — «маленький хотун», «желанный», а может, и «капризный».

Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике версия связывает фамилию с диалектным словом «хоч» или «хоча» — так в некоторых регионах называли хорька или вообще мелкого хищного зверька. В этом случае Хоченок — прозвище человека, похожего на хорька повадками или внешностью. Однако для фамилии Хоченкова эта гипотеза слабее, потому что прозвища от «хотеть» в русской антропонимии встречаются гораздо чаще, чем зооморфные с корнем «хоч-».

Географически фамилия Хоченков и её женская форма Хоченкова не привязаны к какому-то одному региону, но чаще встречаются в центральных и южных областях России. В документах XVII–XVIII веков фиксировались крестьяне и посадские люди с прозвищами Хотен, Хотенок, от которых позже образовались фамилии Хотенков, Хоченков — с типичной для русской фонетики заменой «т» на «ч» в некоторых говорах.

Таким образом, предок современных Хоченковых, скорее всего, получил прозвище за свой характер — настойчивый, «хотящий» человек, возможно, даже строптивый. Фамилия сохранила эту черту в своей основе, и сегодня её носители могут с некоторой долей уверенности считать, что их далёкий предок знал, чего хочет.