Фамилия Ходорченков — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается украинский корень. Если убрать типичный русский суффикс принадлежности -ов, останется основа Ходорченко. А это уже чистая украинская модель: суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, «малый», «сын») плюс основа Ходорч-. Выходит, что Ходорченков — это русифицированная версия украинской фамилии Ходорченко, которую на русской почве «подогнали» под стандарт, добавив -ов. Такое часто происходило при переписях или переселении носителей в великорусские губернии.

Корень фамилии уходит к личному имени Феодор (в просторечии Хведор, Федор). В украинских говорах начальное «хв» нередко упрощалось до «х»: Хведор превращался в Ходор. Отсюда — Ходор, Ходорко, Ходорченко. То есть ваш предок по прямой мужской линии был, скорее всего, сыном человека по имени Ходор (Федор). Фамилия эта держится в основном на юге России и востоке Украины — в бывших землях Слобожанщины и Войска Донского. Встречается она редко, что говорит о довольно узком ареале распространения.

Словообразовательная цепочка проста: Феодор → Ходор (народная форма) → Ходорченко («сын Ходора») → Ходорченков («из рода Ходорченко»). Никаких прозвищ по ремеслу или внешности здесь нет — перед нами чистая патронимическая фамилия, привязанная к имени. Если искать однокоренные варианты, то это Ходоренко, Ходоров, Ходоренков — все они восходят к тому же Федору, но с разными суффиксами. Ваша фамилия выделяется тем, что сохранила двойной суффикс: сначала украинский -енк-, а сверху русский -ов-, что выдает историю миграции семьи.