Фамилия Ходорченов — одна из тех, где корень ясен, а вот исходное прозвище оставляет пространство для догадок. В её основе лежит имя или прозвище Ходорченко, которое, в свою очередь, образовано от более короткого Ходор. А вот откуда взялся этот Ходор — главный вопрос. Самая прямая версия: Ходор — это просторечная, диалектная форма крестильного имени Феодор (в современном звучании — Фёдор). Переход начального «ф» в «хв» или «х» характерен для южнорусских и украинских говоров (сравните: Хвеодор, Хведька, Ходор). В таком случае Ходорченко — это «маленький Ходор» или «сын Ходора», то есть сын Фёдора. Модель образования фамилии классическая для восточнославянского ареала: к основе на -ко добавляется русский патронимический суффикс -ов. То есть Ходорченков — это «чей?» — сын Ходорченко. Со временем фамилия закрепилась в форме Ходорченов, отбросив «к» в суффиксе, что тоже встречается.

Есть и другая, менее распространённая версия, связывающая основу с глаголом «ходить». В этом случае Ходор могло быть прозвищем ходока, скорохода или человека, который много странствовал. Однако против этой версии говорит то, что суффикс -ченко (уменьшительно-патронимический) плохо сочетается с прямым прозвищем от действия: обычно от глагольных корней образуются фамилии через -ло (Ходило) или -ун (Ходун). Поэтому происхождение от Фёдора выглядит гораздо весомее.

Фамилия редкая. Она не встречается в списках дворянских родов и не привязана к какому-то одному известному историческому роду. Её география, скорее всего, связана с южными областями России и Украиной — теми местами, где аканье и «хканье» были в ходу. Носители фамилии Ходорченов — потомки простых крестьян или казаков, в чьих семьях имя Фёдор было одним из самых распространённых. Интересно, что в некоторых говорах Ходором могли называть не только Фёдора, но и Дорофея (через перестановку звуков: Дорофей — Ходор), но это уже совсем частный случай.