Фамилия Ходорченко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Её основа — имя Ходорко, которое представляет собой народную украинскую форму канонического имени Феодор (в русской традиции — Фёдор). Само имя Феодор восходит к древнегреческому Theodoros, что складывается из слов «теос» (бог) и «дорон» (дар), то есть буквально означает «божий дар». Таким образом, Ходорченко — это не что иное, как «сын Ходорка».

Словообразовательная модель здесь прозрачна и характерна для украинской ономастики. Суффикс -енко в украинском языке — один из самых распространённых патронимических маркеров. Он указывал на происхождение по отцу и закрепился в качестве фамилии в те времена, когда у человека было только имя и отчество, а фамилии как таковой ещё не существовало. Ходорченко — это буквально «чей сын?» — Ходорков. Со временем эта форма застыла и превратилась в наследственную фамилию.

Интересно, что украинский язык нередко преобразовывал греческие и церковные имена до неузнаваемости. Феодор в украинской народной среде дал целый веер форм: Ходор, Ходько, Ходорко. Это результат живого произношения, когда начальный звук «ф», непривычный для славянской фонетики, заменялся на «х» или «хв». Тот же процесс мы видим в фамилиях Хоменко (от Хома, то есть Фома) или Хвесько (от Феодосий). Поэтому Ходорченко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Федорченко или Федоренко, но с ярко выраженным местным, южнорусским колоритом.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и южным регионам, где суффикс -енко был доминирующим. В казацкой среде патронимы на -енко встречались особенно часто, поэтому предки Ходорченко вполне могли быть реестровыми казаками или крестьянами, чьи имена фиксировали в церковных книгах именно в такой форме. Впрочем, точных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии нет, и строить здесь догадки было бы опрометчиво.

Стоит добавить, что написание фамилии устойчиво: Ходорченко не склоняется по падежам в мужском и женском вариантах, что типично для украинских фамилий на -ко. В русском языке она сохраняет исходное ударение на втором слоге: Ходо́рченко.