Имя Ходорко представляет собой украинский вариант имени Фёдор, которое в свою очередь является производной формой имени Феодор. Это имя восходит к древнегреческому theodoros, что значит «божий дар». Поэтому Ходорченко буквально понималось как «сын Ходорка».