Фамилия Ходяева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Ходяев, образована по одной из самых продуктивных моделей русского языка: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Этот суффикс присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й, что в данном случае и произошло. В основе лежит слово «ход» или производные от глагола «ходить».

Самый прямой и вероятный путь — прозвище Ходя. Так могли назвать человека, который много ходил: странника, пешего гонца, бродячего торговца или просто непоседу. В русских говорах слово «ходя» фиксируется именно в значении «пешеход, ходок». В этом случае фамилия Ходяев — типичное «прозвищное» образование, указывающее на характерную черту или род занятий первого носителя.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с нецерковным именем Ходя. В древнерусской антропонимии встречались имена, образованные от глаголов: Ход, Ходила, Ходя. Они могли даваться ребёнку как пожелание или по обстоятельствам рождения (например, первый, кто «пошёл»). В таком случае фамилия — отчество в чистом виде: «сын Ходи».

Географически фамилия Ходяев (и Ходяева) чаще всего встречается в южнорусских и центральных регионах, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с прозвищем: именно в этих областях слово «ходя» в значении «пешеход» было в активном обиходе. Встречается также вариант написания через «а» — Хадеев, но он может быть связан с другим корнем (от имени Хади, арабского происхождения).

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Ходяев в большинстве своём принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилии на -ев у крестьян массово закрепились после отмены крепостного права в 1861 году, но в среде служилых людей и казачества они могли появиться и раньше, в XVI–XVII веках. Прозвище «Ходя» могло закрепиться за человеком, который выполнял роль ходока по делам общины, — такая должность была и в деревнях, и в казачьих станицах.

Однокоренные фамилии — Ходов, Ходнев, Ходяков, Ходаненок — все они восходят к тому же гнезду слов, связанных с движением и ходьбой. Фамилия Ходяева стоит в этом ряду особняком за счёт редкой основы на -я, что делает её более «живой» и конкретной, чем, скажем, абстрактный Ходов.