Фамилия Ходжаханян — почти наверняка армянского происхождения. Её выдают два маркера: конечный -ян (классический армянский патронимический суффикс «сын» или «потомок») и основа Ходжахан-. В армянской ономастике суффикс -ян соответствует русскому -ов/-ев, то есть Ходжаханян — это буквально «потомок Ходжахана».

Сложность в том, что основа Ходжахан — составная. Она распадается на два элемента: «Ходжа» и «хан». Оба — заимствованные титулы, пришедшие в армянскую среду через персидский и тюркский языки. «Ходжа» (хотя, ходжа) в исламском мире означало господина, купца, а позднее — человека, совершившего хадж. «Хан» — тюркский и монгольский титул правителя или военачальника. Соединение двух титулов в одном имени — явление нередкое для Востока (ср. Ходжа-хан, Шах-хан и т.п.), но в качестве личного имени оно встречается реже, чем в составе прозвища.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища или имени Ходжахан, которое мог получить человек, занимавший видное положение — например, крупный купец, пользовавшийся авторитетом и сравниваемый с ханом. Менее вероятно, но возможно, что это двойной титул, перешедший в фамилию напрямую: скажем, предок был ходжой (духовным лицом или богатым торговцем) и одновременно носил почётное прозвище хан. В любом случае, носитель фамилии Ходжаханян происходит от человека, которого окружающие называли уважительно-возвышенно.

Географически фамилия тяготеет к западным областям исторической Армении, где сильнее было влияние персидской и тюркской культуры, а также к армянской диаспоре, расселившейся после геноцида 1915 года. В современной России и странах Закавказья фамилия встречается, но не входит в число самых распространённых.

Редкость фамилии в том, что она сочетает два титула, каждый из которых сам по себе мог стать основой для фамилии (Ходжаян, Ханаян). Их сращение — признак либо очень высокого статуса предка, либо сложной прозвищной традиции, где одно уважительное слово усиливали другим.