Фамилия Ходжаева образована от персидского мужского имени Ходжа, которое в переводе означает «хозяин, владелец, господин», «обладающий большими знаниями, наставник, учитель». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ходжаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.