Фамилия Ходжаева происходит от мужского имени Ходжа, которое пришло в тюркские языки из персидского. В переводе оно означает «хозяин», «владелец», «господин», а также «наставник» или «учитель», то есть человек, обладающий большими знаниями. Однако за этим простым переводом скрывается более глубокий социальный смысл, который и определил судьбу фамилии.

Изначально слово «ходжа» не было просто вежливым обращением. Так называли потомков пророка Мухаммеда через его дочь Фатиму и зятя Али. В мусульманском мире этот статус давал человеку особое уважение и право на духовное руководство. Поэтому предки Ходжаевых, скорее всего, принадлежали к духовному сословию, были грамотными людьми, знатоками Корана и религиозных обрядов. Позже слово стало использоваться шире — так могли назвать богатого купца, влиятельного чиновника или просто уважаемого старшину.

Суффикс -ева в фамилии указывает на принадлежность к роду: Ходжаева — дочь или жена человека по имени Ходжа. Такая модель образования типична для многих народов, принявших ислам, — от татар до народов Кавказа и Средней Азии. Сама фамилия широко распространена в регионах, где historically сильны персидское и тюркское культурные влияния: в Татарстане, Дагестане, Узбекистане, Таджикистане, а также среди азербайджанцев.

Процесс формирования фамилий у мусульманских народов был долгим и неравномерным. В некоторых семьях фамилии закрепились ещё в XIX веке, у других — только после революции 1917 года, когда это стало обязательным. Поэтому точно сказать, когда именно возник род Ходжаевых, невозможно без обращения к архивным документам и генеалогическим исследованиям. Но в любом случае, фамилия несёт в себе память о предке, которого окружающие называли Ходжой — за учёность, богатство или благочестие.