Фамилия Ходжаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ходжаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ходжаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ходжаев образована от персидского мужского имени Ходжа, которое в переводе означает «хозяин, владелец, господин», «обладающий большими знаниями, наставник, учитель». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ходжаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ходжаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.