Фамилия Ходжамиров — один из тех случаев, где тюркский корень и русский суффикс встречаются в относительно поздней, «учётной» фамилии. Её основа — слово «ходжа» (хожа, ходжа), которое в тюркских языках, а также в арабском и персидском контексте, означает «господин», «хозяин», «наставник» или «почтенный человек». В исламской традиции так нередко называли потомков пророка Мухаммеда (сайидов), а также купцов и учителей. Второй корень, «мир», — это сокращение от арабского «эмир» (повелитель, князь) или часть имени Мирза (от «мирзаде» — «рождённый эмиром»). Составная основа «Ходжамир» — это двусоставное имя-прозвище вроде «почтенный эмир» или «господин повелитель», типичное для тюрко-персидской антропонимии Средней Азии, Кавказа и Поволжья.

Русский суффикс «-ов» превращает это восточное имя в фамилию по стандартной модели: «чей?» — Ходжамиров. Это указывает на то, что фамилия возникла в среде, где русское делопроизводство фиксировало подданных нерусского происхождения — скорее всего, в XIX веке, когда у татар, башкир, азербайджанцев или народов Средней Азии начали массово оформлять фамилии по русскому образцу. В отличие от старых русских фамилий, которые образовывались от крестильных имён или прозвищ, здесь мы видим готовое восточное имя, которое просто «обрусело» в документах.

Географически носители фамилии Ходжамиров встречаются в основном в Татарстане, Башкортостане, среди азербайджанцев и в среде среднеазиатских народов (узбеки, таджики). Реже — на Северном Кавказе, где слово «ходжа» тоже бытовало. В русских переписях она редкая, что подтверждает её локальный характер. Интересно, что двойная основа «ходжа-мир» могла быть не именем, а прозвищем — так могли прозвать человека, который был одновременно и духовным лицом (ходжа), и потомком знатного рода (мир). В любом случае, фамилия указывает на уважаемый, возможно, религиозный или торговый статус предка.

Если разбирать словообразовательную модель, то фамилия стоит в ряду таких же двусоставных, как Мирзоев, Ходжаев, Бекмирзоев. Но Ходжамиров выделяется тем, что суффикс «-ов» присоединён не к одному корню, а к целому составному имени, что встречается реже. Это говорит о том, что основа уже воспринималась как единое целое, а не как два отдельных слова.