Фамилия Ходжибудинов — одна из тех, что сразу указывает на восточные корни и, скорее всего, на происхождение из Средней Азии. Её основа — составное имя Ходжибудин, которое в свою очередь складывается из двух частей: «ходжи» и «будин».

Первая часть, «ходжа» (или «ходжи»), — это арабский титул, означающий «господин», «хозяин» или «уважаемый человек». В исламской традиции ходжами называли потомков пророка Мухаммеда, а также купцов, учёных или просто состоятельных людей. В Средней Азии это слово стало частью многих имён и фамилий, подчёркивая знатность или религиозный авторитет предка.

Вторая часть, «будин», — это, вероятно, искажённое или местное произношение арабского имени Бахауддин (или Баха ад-Дин), что переводится как «красота веры» или «великолепие религии». Это распространённое мусульманское имя, которое носило множество исторических деятелей, например, знаменитый суфийский шейх Бахауддин Накшбанд. В некоторых тюркских диалектах «баха» могло редуцироваться до «бу», отсюда и форма «Будин».

Таким образом, Ходжибудин — это сложносоставное личное имя, которое можно перевести как «господин красоты веры» или «уважаемый Бахауддин». Фамилия Ходжибудинов образована по русской модели: к основе имени добавили суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («сын Ходжибудина»). Такие фамилии характерны для русскоязычной документации в регионах, где жили таджики, узбеки или представители других народов, чьи имена адаптировались под российскую систему фамилий.

С точки зрения географии, носители фамилии Ходжибудинов чаще всего встречаются в Таджикистане, Узбекистане, а также среди выходцев из этих стран, проживающих в России. Встречается она нечасто, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда у народов Средней Азии начали массово фиксировать фамилии по отчеству. Предок, получивший такое имя, мог быть почитаемым в общине человеком — либо потомком ходжей (духовного сословия), либо просто носителем имени Бахауддин, к которому в знак уважения добавили титул «ходжи».