Фамилия Ходжи — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она воспринимается как типичная русская фамилия с суффиксом -и, но на самом деле корень здесь иноязычный, а сама фамилия — нестандартная по происхождению.

В основе лежит арабское слово «ходжа» (خواجه), которое через тюркские языки попало в русскую среду. Изначально это почётный титул, означавший «господин», «хозяин», «наставник» или «учитель». В мусульманском мире так называли купцов, богатых землевладельцев, а также потомков пророка Мухаммеда (в Средней Азии — «ходжа» как обозначение духовного сословия). В Поволжье и Приуралье у татар и башкир слово «ходжа» закрепилось как личное имя.

Фамилия Ходжи — это не столько «сын Ходжи» (как было бы по-русски с суффиксом -ин), сколько застывшая форма именительного падежа множественного числа или форма родительного падежа единственного числа в тюркской модели. Проще говоря, это русифицированная запись тюркского имени Ходжа, где окончание -и воспринято как русское фамильное, хотя на деле оно могло быть частью исходной основы. В документах XIX — начала XX века так фиксировали целые семьи: «Ходжи» — то есть «из рода Ходжи», «принадлежащие Ходже».

Географически фамилия привязана к регионам, где сильно влияние тюркских языков и ислама: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, Средняя Азия. В русском контексте она редкая и, скорее всего, принадлежит потомкам татарских или башкирских мурз, купцов или духовных лиц, которые получили её при оформлении метрик в царской России.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ходжаев (самая распространённая модель с русским суффиксом -ев), Ходжиев (с другим суффиксом), Ходжа, Ходжин. Вариант без суффикса — Ходжи — самый короткий и архаичный. Он говорит о том, что фамилию не переделывали под стандартные русские модели, а записали почти так, как звучало прозвище или именование семьи в устной речи.