Фамилия Ходжибаева — женская форма, мужской вариант — Ходжибаев. Она восходит к арабскому титулу «ходжа» (хозяин, господин, наставник) и тюркскому компоненту «бай» (богатый, уважаемый человек). Вместе два элемента дают значение «господин-бай» или «уважаемый богатый человек». Такая конструкция характерна для фамилий, возникших в среде народов Средней Азии — узбеков, таджиков, уйгуров, а также кавказских народов, испытавших исламское влияние.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии в период имперской или советской администрации. В оригинале фамилия могла звучать как Ходжибай, а окончание -ев добавили при оформлении документов по русскому образцу. Модель образования здесь простая: к основе Ходжибай прибавили суффикс принадлежности -ев, и получилась фамилия Ходжибаев (а для женщины — Ходжибаева).

Встречается фамилия редко, в основном на юге Казахстана, в Узбекистане, Кыргызстане и среди диаспор в России. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были людьми с высоким социальным статусом — купцами, духовными наставниками или землевладельцами, поскольку оба корня («ходжа» и «бай») несли престижный смысл. Однако в советский период фамилия закрепилась за разными слоями населения, и сейчас её может носить человек любого происхождения.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках слово «ходжа» со временем стало частью имён, а не только титулом. Поэтому фамилия Ходжибаева могла образоваться не от прозвища, а от личного имени Ходжибай, которое давали в честь уважаемого родственника или святого. Это отличает её от фамилий, где «ходжа» — просто указание на профессию или сословие.