Фамилия Ходжибаев — типичный пример фамилии, образованной по тюркско-персидской модели, с корнем, который уходит в религиозную и социальную историю исламского мира. Её основа — «Ходжибай», где первая часть «ходжа» происходит от персидского слова «хваджа» (господин, хозяин, а в исламской традиции — почётный титул для потомков пророка Мухаммада или просто уважаемого человека, совершившего хадж). Вторая часть «бай» — тюркский титул, означающий «богач», «господин», «хозяин», «состоятельный человек». Сложносоставное имя Ходжибай, таким образом, можно перевести как «господин-бай» или «уважаемый богач», а сама фамилия Ходжибаев буквально означает «сын Ходжибая» или «потомок Ходжибая».

Суффикс «-ев» в этой фамилии — не исконно русский, а русифицированный вариант тюркского притяжательного аффикса. В Средней Азии, где фамилии массово закреплялись в советское время, к местным именам добавляли русские патронимические суффиксы (-ов, -ев, -ин). Так, Ходжибай стал Ходжибаевым. Если бы фамилия сохранилась в исконной тюркской форме, она звучала бы как Ходжибайулы (казахский вариант) или Ходжибайзода (таджикский вариант). Интересно, что в русском написании нередко встречается дублет «Хаджибаев» — с буквой «а» в первом слоге, что отражает разное произношение арабского корня «хадж» (паломничество). Оба варианта этимологически восходят к одному источнику, но «Ходжибаев» ближе к персидской огласовке.

Географически фамилия Ходжибаев почти наверняка указывает на происхождение из региона, где смешались тюркские и персидские языки — прежде всего, из Узбекистана, Таджикистана или южного Казахстана. В дореволюционной Средней Азии титул «ходжа» был маркером принадлежности к привилегированной прослойке: так называли либо прямых потомков пророка (сайидов), либо людей, чьи предки совершили хадж. Однако в простонародье «ходжой» могли называть и просто грамотного, уважаемого старика. Поэтому предок носителя фамилии мог быть как потомственным духовным лицом, так и зажиточным торговцем или землевладельцем, которого окружающие величали «ходжа» в знак почтения, а затем это прозвище закрепилось за его сыном.

С точки зрения словообразовательной редкости, фамилия Ходжибаев интересна тем, что соединяет два титула разного происхождения (арабо-персидский и тюркский) в одно имя. Это типично для ономастики Центральной Азии, где культурные слои накладывались друг на друга. Сравните с однокоренными фамилиями: Ходжаев (без «бая»), Ходжимуратов, Баев (от «бай»). Фамилия Ходжибаев стоит в этом ряду как более конкретная — она не просто указывает на «ходжу», а называет конкретного человека, носившего двойной почётный титул, что в прошлом могло говорить о высоком социальном статусе его рода.