Фамилия Ходжибоев — одна из тех, что сразу указывает на происхождение по имени предка. В её основе лежит арабское слово «ходжа» (или «хожа»), которое в тюркских и иранских языках стало обозначать почётное звание. Изначально «ходжа» — это господин, хозяин, а позже в исламском мире — уважаемый человек, знаток религии, учитель, потомок пророка или просто зажиточный купец. В Средней Азии, откуда, скорее всего, родом носители этой фамилии, слово «ходжа» имело особый вес: так называли людей, возводивших свою родословную к первым халифам.

Вторая часть фамилии — «-боев» — указывает на мальчика, сына или юношу (от тюркского «бой» или «бай»). Таким образом, имя Ходжибой буквально означает «сын ходжи» или «мальчик из рода ходжей». Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом «-ев» (вариант «-ов» после мягких согласных), который присоединили к основе Ходжибой. Это типично для фамилий, сложившихся у народов Средней Азии в период вхождения региона в состав Российской империи и СССР, когда местные имена начали оформлять по русскому образцу.

Интересно, что фамилия Ходжибоев несёт в себе двойное указание на социальный статус. Если отец уже был «ходжой», то сына называли Ходжибоем, подчёркивая его принадлежность к этому сословию. Встречаются и варианты написания — Ходжибаев, Хожабоев, Ходжабаев, что связано с разной передачей гласных в диалектах. В дореволюционное время человек с такой фамилией почти наверняка происходил из семьи религиозных деятелей, торговцев или зажиточных землевладельцев, а не из крестьян или кочевников.