Фамилия Ходжибобоев — редкий пример сложения двух восточных титулов в одной основе. Она образована по русской патронимической модели (суффикс -ов, отвечающий на вопрос «чей?») от составного имени Ходжибобо, которое в свою очередь состоит из двух компонентов: «ходжи» и «бобо».

Первая часть, «ходжи» (арабское «хаджи»), — почётное звание мусульманина, совершившего паломничество (хадж) в Мекку. В Средней Азии это слово стало частью многих имён и фамилий, указывая на религиозный статус предка. Вторая часть, «бобо», в тюркских языках (особенно в узбекском, таджикском) означает «дед», «старец», «почтенный человек» или «наставник». В сочетании Ходжибобо — это не просто «дед-паломник», а уважительное обращение к человеку, который и старше, и духовно авторитетен.

Вероятнее всего, фамилия Ходжибобоев происходит из узбекской или таджикской среды. Слово «бобо» в этих культурах часто входит в состав сложных имён (например, Бобохон, Бобомурод) и может указывать на принадлежность к духовному сословию или просто на возрастной статус основателя рода. Суффикс -ов в конце — типичная русификация, закрепившая фамилию в документах советского периода, когда многие восточные имена и прозвища получили стандартное окончание.

Отличительная черта фамилии — её прозрачная композитная структура. В отличие от многих фамилий, где корень затемнён, здесь каждый элемент сохраняет самостоятельное значение. Это позволяет с высокой долей уверенности реконструировать социальный портрет предка: уважаемый пожилой человек, вероятно, совершивший хадж и носивший двойной титул. Фамилия встречается нечасто, в основном в Узбекистане, Таджикистане и среди выходцев из этих регионов в России.