Фамилия Хаджибаева — женская форма фамилии Хаджибаев. В основе лежит имя-прозвище Хаджибай, которое состоит из двух частей: «хаджи» и «бай».

Первая часть («хаджи») — арабского происхождения, означает «совершивший хадж», то есть паломничество в Мекку. В исламской культуре этот статус давал человеку уважение и почёт, его часто добавляли к имени как почётный титул. Вторая часть («бай») — тюркская, переводится как «господин», «богач», «хозяин». В дореволюционной Средней Азии «бай» было социальным маркером зажиточного или влиятельного человека, впоследствии слово вошло в состав многих личных имён и фамилий.

Таким образом, имя Хаджибай буквально означало «господин, совершивший хадж» или «уважаемый паломник». Фамилия Хаджибаев (и Хаджибаева) образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на -й. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде тюркоязычных народов, исповедующих ислам, — особенно у казахов, узбеков, татар, башкир, а также у народов Кавказа (азербайджанцев, кумыков). Фамилия указывает, что предок носителя носил почётное прозвание Хаджибай, которое закрепилось за родом.

С точки зрения социального контекста, фамилия Хаджибаевых не обязательно говорит о прямом паломничестве конкретного предка: прозвище могло перейти от деда или быть дано в честь уважаемого односельчанина. Встречаются и варианты написания с одной «б» (Хаджибаев) — это связано с адаптацией арабского слова «хаджи» в тюркских языках, где оно нередко звучит как «хажи». Фамилия распространена в Казахстане, Узбекистане, в регионах Поволжья и на Северном Кавказе.