Фамилия Ходжидаева — женская форма, её мужской вариант — Ходжидаев. В основе лежит тюркско-персидское слово «ходжа» (хожа, ходжа), которое в мусульманском мире означало «господин», «хозяин», «наставник», а также «человек, совершивший хадж». Второй элемент — «дай» — восходит к тюркскому «дай» (дядя по материнской линии) или к персидскому «дад» (дал, даровал). Таким образом, фамилия сложносоставная: «ходжа» + «дай» или «ходжа» + «дад». Вероятнее всего, исходное имя или прозвище звучало как Ходжидай — «дядя-ходжа» (почтительное обращение к старшему родственнику, имевшему духовный или торговый авторитет) либо Ходжидад — «дарованный ходжой» (имя-оберег, данное в честь святого или уважаемого человека).

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ: в XIX–XX веках, при документальном оформлении, к тюркским именам добавляли стандартные русские патронимические суффиксы. Фамилия распространена среди народов Кавказа и Средней Азии, особенно у осетин, кумыков, дагестанцев, а также у таджиков и узбеков. В русской среде встречается редко, чаще как результат межнациональных браков или миграции.

Интересная деталь: фамилия Ходжидаев (и её женская форма) может быть связана с осетинской фамилией Ходжидати, где суффикс -ати указывает на принадлежность к роду. В осетинском языке «Ходжидати» означает «из рода Ходжида». Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии могли быть осетинскими мусульманами или христианами, принявшими ислам, и их родовое имя впоследствии русифицировали.

Сословная принадлежность предков точно не устанавливается, но, учитывая значение основы, можно говорить о вероятном духовном или купеческом происхождении. Ходжами в Средней Азии часто называли потомков пророка Мухаммеда или влиятельных религиозных деятелей, а в тюркской среде — зажиточных торговцев. Однако фамилия могла закрепиться и за простыми крестьянами, получившими прозвище по уважаемому односельчанину.