Фамилия Ходжимуратов — одна из тех, где основа говорит сама за себя, если знать восточную антропонимию. Она образована от составного мужского имени Ходжимурат, которое распространено у народов, исповедующих ислам, — в первую очередь у узбеков, таджиков, уйгуров, а также у каракалпаков и туркмен. Первая часть, «Ходжи» (араб. حاجي), восходит к почётному титулу хаджи — так называют мусульманина, совершившего паломничество в Мекку. Вторая часть, «Мурат» (араб. مراد), означает «желанный», «цель», «стремление». Вместе имя Ходжимурат можно перевести как «желанный хаджи» или «тот, чьё стремление — стать хаджи», хотя на практике это скорее благопожелательное имя: родители желали сыну когда-нибудь совершить хадж и достичь уважения в общине.

Русский суффикс -ов присоединился к имени по стандартной модели, по которой в XIX–XX веках оформляли фамилии для тюркских и иранских народов в составе Российской империи. Ходжимуратов буквально означает «сын (или потомок) Ходжимурата». Такая модель — имя отца плюс русский патронимический суффикс — типична для фамилий, которые возникли при переписях населения или при получении паспортов, когда местных жителей записывали по отцу, добавляя окончание -ов/-ев. Поэтому фамилия Ходжимуратов не древняя, а скорее официальная, канцелярская по происхождению, и её носители — почти наверняка выходцы из Средней Азии, в основном из Узбекистана.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ов, где суффикс указывает на принадлежность к роду, здесь он приставлен к полному двусоставному имени, а не к прозвищу или профессии. Это сразу выдает невеликорусские корни. Среди однокоренных фамилий — Ходжиев, Ходжаев, Муратов, а также более редкая Ходжимурадова (женская форма). Сама фамилия Ходжимуратов встречается нечасто, но её носители живут не только в Узбекистане, но и в России, Казахстане, Таджикистане — как результат миграций XX века. Дворянского сословия за этой фамилией не числится: её обладатели — в основном потомки крестьян, ремесленников или торговцев, чьи предки носили имя Ходжимурат и получили фамилию при советской паспортизации.