Фамилия Ходжамуратов — составная, и её происхождение почти целиком лежит в мусульманской антропонимической традиции Средней Азии. В основе лежит двусоставное арабско-персидское имя Ходжамурад (варианты — Ходжамурат, Ходжимурад). Первая часть, «ходжа» (хожа, ходжи), — почётный титул, который в исламе изначально означал «господин», «хозяин», а позже закрепился за потомками пророка Мухаммеда или за совершившими хадж (паломничество в Мекку). Вторая часть — «мурад» (в тюркском произношении часто «мурат») — арабское слово со значением «желание», «цель», «намерение». Вместе имя Ходжамурад осмыслялось как «желанный ходжа» или «цель господина» — его давали ребёнку, которого долго ждали, особенно в семьях, почитавших духовный авторитет ходжей.

Фамилию образовали по русской модели — с помощью патронимического суффикса -ов. В Российской империи и Советском Союзе, при документальном оформлении фамилий для тюркоязычных народов, было принято добавлять этот суффикс к имени отца: Ходжамуратов буквально означает «сын Ходжамурата». Это типичный случай, когда фамилия не просто закрепила родовое имя, а сохранила его полную, нередуцированную форму, что говорит о сравнительно поздней фиксации — скорее всего, в конце XIX — начале XX века.

Географически фамилия Ходжамуратов наиболее распространена среди узбеков, таджиков, туркмен и каракалпаков. В русской среде она практически не встречается. Интересно, что в самом имени «Ходжамурад» компонент «ходжа» мог указывать на социальное положение предка: не каждый носитель фамилии происходит от реальных потомков пророка, но само имя нередко давали в семьях, принадлежавших к духовному сословию или стремившихся подчеркнуть свою религиозную учёность. В советское время, когда титулы и сословные маркеры утратили значение, имя осталось просто как красивое и традиционное.

С точки зрения словообразования, фамилия Ходжамуратов стоит в ряду таких же двусоставных фамилий, как Ходжаев, Муратов, Ходжакелимов, Ходжаназаров. Но её уникальность — в сращении двух значимых корней в одну основу, что делает её менее прозрачной для носителя русского языка, но очень ёмкой для того, кто знаком с восточной ономастикой. По сути, это фамилия-биография: она сообщает, что предка звали Ходжамурад, а имя это несло в себе и религиозный статус, и родительское пожелание.