Фамилия Ходжыматов образована от мужского имени Ходжымат, которое в свою очередь сложено из двух компонентов: «ходжа» и «мат». Первая часть восходит к почетному титулу «ходжа» (араб. خواجه — господин, хозяин, наставник). В тюркской и персидской традиции так называли потомков пророка Мухаммеда, а также крупных купцов, землевладельцев и духовных лиц. Вторая часть — «мат» — это краткая форма арабского имени Мухаммад (محمّد — «восхваляемый»), широко распространенная в Средней Азии. Таким образом, имя Ходжымат можно перевести как «господин Мухаммад» или «ходжа Мухаммад» — составное имя, подчеркивающее и религиозный статус, и принадлежность к пророческому роду.

Суффикс -ов указывает на русскую модель патронимического образования фамилий: Ходжыматов буквально означает «сын Ходжымата». Такие фамилии массово формировались у тюркоязычных народов в XIX–XX веках, когда при присоединении Средней Азии к Российской империи местные имена русифицировали по образцу русских отчеств. Географически фамилия Ходжыматов распространена прежде всего в Туркменистане, Узбекистане и среди туркменской диаспоры в России. Вариант с буквой «ы» (Ходжыматов, а не Ходжаматов) выдает туркменское произношение: в туркменском языке гласный «а» в первом слоге имени «Ходжа» переходит в «ы» под влиянием твердого «х».

Редкость фамилии — в ее составной структуре. В отличие от более частых Ходжаев или Ходжамурадов, имя Ходжымат встречается не повсеместно, что говорит о его локальном бытовании, возможно, в определенном роде или племени. Носители фамилии могли происходить из семей, где статус ходжи передавался по наследству, но при этом имя выбрали с явной отсылкой к имени пророка — распространенный прием для укрепления религиозного авторитета рода.