Фамилия Хохунова — женская форма фамилии Хохунов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Хохун. Слово «хохун» в русских говорах имело несколько значений. В словаре Владимира Даля зафиксировано, что «хохун» — это «хохотун, кто много и громко смеется». В этом случае фамилия могла закрепиться за веселым, жизнерадостным человеком, который был известен своим заразительным смехом. Но есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «хохун» означало «петух» (от подражания крику «ку-ка-ре-ку»). Тогда прозвище могли дать драчливому, задиристому или просто голосистому мужчине.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Хохуна). Таким образом, Хохунов — это потомок человека по прозвищу Хохун. Фамилия довольно редкая и имеет выраженную географическую привязку. По данным современных исследований, основная масса носителей фамилии Хохуновых сосредоточена в нескольких регионах России: в Воронежской области, на юге Тамбовской и в Ростовской области. Это зона позднего заселения, где фамилии часто фиксировались в переписях XVII–XVIII веков среди однодворцев и государственных крестьян. Встречается и вариант написания через «а» — Хахунов, что связано с акающим произношением в южнорусских говорах.

В исторических документах фамилия прослеживается с XVII века. Например, в «Воронежских писцовых книгах» 1629 года упоминается крестьянин Офонка Хохун — это одно из ранних свидетельств бытования прозвищной основы. Позже, в ревизских сказках XVIII века, фамилия Хохуновы фиксируется в селах Задонского и Землянского уездов. Интересно, что однокоренных фамилий в русском ономастиконе немного: Хохлов, Хохряков — но они образованы от других корней. Хохунова стоит особняком как фамилия, прямо связанная с диалектным словом, не перешедшим в литературный язык.