Фамилия Холхунова — женская форма фамилии Холхунов, которая принадлежит к числу относительно редких. Её основа, «холхун», с большой вероятностью восходит к тюркским языкам. В тюркских наречиях, особенно распространённых в Поволжье и на Урале, слово «холхун» (или «колхун») могло означать «мешок», «кошель» или «сума». Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо торговцем, носившим с собой большой кошель, либо просто запасливым или неповоротливым — в зависимости от того, какой смысл вкладывали в слово окружающие. Есть и другая, менее убедительная версия: что «холхун» — это искажённое «холоп» (крепостной), но фонетически этот переход маловероятен, а тюркская этимология выглядит естественнее, учитывая ареал бытования фамилии.

Суффикс «-ов» в фамилии Холхунов указывает на традиционную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Такие фамилии в массе своей сформировались в XV–XVII веках, когда крестьянам и посадским людям давали фамилии по отцу: «чей сын?» — Холхунов, то есть сын Холхуна. Фамилия не дворянская и не княжеская; судя по основе, она возникла в среде крестьян или ремесленников, возможно, на территории современных Татарстана, Башкортостана или Оренбургской области, где русское население веками соседствовало с тюркским.

Особенность этой фамилии — её редкость и почти полное отсутствие в центральных регионах России. Встречается она в основном в Зауралье и Сибири, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из южных и восточных губерний. Если искать однокоренные варианты, то ближе всего стоят фамилии Холхин, Холхов, Холхоев — но они образованы от других основ. Фамилия Холхунова, таким образом, хранит в себе память о тюркском слове, которое в русской среде стало прозвищем, а затем и родовым именем — что не редкость для фамилий, возникших на границе культур.