Фамилия Холднов ведет начало от прозвища или имени Холдной, что в старину означало «холодный» — то есть сдержанный, суровый или даже безразличный человек. Основа здесь та же, что в слове «холод», но с чередованием корня «холод-/холд-», характерным для северных и сибирских говоров. В диалектах «холдный» или «холодный» могло относиться и к промозглой погоде, и к человеку, которого «не проймешь» — не склонного к бурным эмоциям.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Холднов — сын Холдного. Такая фамилия могла закрепиться за крестьянином или посадским человеком, которого окружающие прозвали за невозмутимый нрав или за то, что он жил в нетопленой избе. Второй, менее вероятный вариант: фамилия могла произойти от топонима — деревни с названием Холдное или Холдново, но такие пункты не зафиксированы в крупных географических справочниках, что делает версию с прозвищем основной.

В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, фамилии с корнем «холод-» встречаются в списке прозвищных, образованных от прилагательных. Но форма «Холднов» — с выпадением гласного — встречается реже, чем «Холоднов» или «Холодов». Это сужает географию: скорее всего, носители фамилии изначально жили в регионах, где говорили «холдный» — на Русском Севере, в Архангельской или Вологодской губерниях.

Сословная принадлежность предков Холдновых — почти наверняка крестьянство или мещанство. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена, и в списках известных исторических лиц Холдновы не фигурируют. Фамилия нечастая, но не исчезнувшая: ее можно встретить в современных справочниках по Нижегородской и Кировской областям, что косвенно подтверждает севернорусские корни.