Фамилия Холкпачин — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет ни одного из стандартных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), что сразу указывает: перед нами не исконно русская, а скорее всего тюркская или кавказская фамилия, записанная на слух и адаптированная русским письмом. Формант -ин здесь может быть не русским патронимическим суффиксом, а частью основы, которую при заимствовании осмыслили как привычное окончание.

Разобрать фамилию по составу можно так: Холкпач-ин. Первая часть — «Холкпач» — скорее всего, прозвище или родовое имя. В тюркских языках (особенно в кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) «холк» или «халк» означает «народ», «люди» (ср. турецкое halk). «Пач» или «паччи» может быть искажённым «баш» — «голова» или «глава». Тогда Холкпачин — это «сын народного главы» или «народный предводитель». Вторая версия: «пач» — это «пятка» или «нога» (в некоторых тюркских диалектах), и прозвище могло быть уничижительным, вроде «пятка народа» — то есть человек, который всегда сзади, последний. Но первая версия выглядит правдоподобнее: фамилия явно указывает на социальный статус предка.

Географически фамилия Холкпачин встречается в Дагестане и среди кумыкского населения. Кумыкские фамилии часто заканчиваются на -ов/-ев, но встречаются и формы на -ин, особенно если их записывали русские чиновники, не разбиравшиеся в местной родовой номенклатуре. Возможно, исходное звучание было «Холкбашлы» или «Халкбаши», а при паспортизации XIX–XX веков его упростили до Холкпачин.

Родственных фамилий, которые можно было бы уверенно назвать однокоренными, почти нет. Можно предположить, что Холкпачев, Холкпачов — это варианты, возникшие при разной записи. Но в открытых источниках такие формы не фиксируются, что подтверждает уникальность фамилии. Носители её — почти наверняка потомки тюркоязычных народов Северного Кавказа, и фамилия хранит память о том, что в роду был человек, которого называли «главой народа» или «вожаком».