Фамилия Холкин образована от прозвища Холка. Оно происходит от названия части тела животного «холка». Даля приводится еще несколько значений этого слова: «баранья лопатка» (арх.), «ляжка, бедро» (сиб.), «всякий, выдающийся в теле конец кости» (новг.), «человек, прошедший огонь и воды, дошлый, опытный» (пск.), «холопка, холуйка» (влад.). Отсюда следует, что прозвище Холка может быть мотивировано любым из этих значений. Соответственно, прозвище могло указывать на особенности внешнего вида человека, на его характер, а также на социальный статус. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Холка, со временем получил фамилию Холкин.