Фамилия Холмуратова — женская форма фамилии Холмуратов, и её происхождение почти наверняка ведёт в Среднюю Азию. Основа здесь составная и типична для тюркских именных систем: «хол» (или «холм») и «мурат». Первая часть восходит к слову «хол» — в тюркских языках это «раб», «слуга» или, в религиозном контексте, «раб Божий». Вторая часть — «Мурат» (араб. «желанный», «цель»). Вместе имя Холмурат означает «раб Желанного», то есть «раб Бога», что полностью укладывается в традицию теофорных (содержащих имя Всевышнего) мусульманских имён.

Модель образования фамилии проста: к мужскому имени Холмурат добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем для женской формы — окончание -а. Такая русификация тюркских имён массово происходила в XIX–XX веках, когда народы Средней Азии входили в состав Российской империи, а затем СССР, и получали фамилии по русскому образцу. Таким образом, Холмуратова — это буквально «дочь (или жена) Холмурата».

Географически фамилия плотнее всего привязана к Узбекистану, Таджикистану и Туркменистану, реже встречается среди казахов и киргизов. В России её носительницы — чаще всего потомки мигрантов из этих республик. Интересно, что в русской среде фамилию могли на письме упрощать: вместо «Холмуратова» иногда писали «Халмуратова» (с буквой «а» в первом слоге) — это диалектное колебание, характерное для некоторых тюркских говоров, где звук «о» в безударной позиции редуцируется.

Сословного барьера у фамилии нет: Холмуратовыми могли быть и крестьяне-дехкане, и городские ремесленники, и представители духовенства. Единственное, что объединяет всех носителей, — исходное имя-основа, которое в любой форме напоминает о мусульманской культуре и арабском корне.