Фамилия Холомина — женская форма, а мужская, Холомин, образована по самой распространённой русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Холомин буквально значит «сын Холомы» или «человек из семьи Холомы». Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Холома. В чём его смысл?

Самый прямой путь — к диалектному слову «холомя» (или «холомень»). В северных и сибирских говорах так называли открытое, возвышенное место, пригорок, поляну среди леса. Человек мог получить прозвище Холома по месту жительства: «живущий на холоме», то есть на видном, открытом пригорке. В этом случае фамилия родственна географическим фамилиям вроде Полянин или Луговой, но с более узкой, локальной основой.

Есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых русских говорах «холомя» означало неровность, бугор, а в переносном смысле — неуклюжего, нерасторопного человека. Тогда прозвище Холома могло закрепиться за медлительным или неповоротливым крестьянином. Такие прозвища по внешности или характеру давали часто, и они легко становились фамилиями.

Третья версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «холом» (или «кулум») — слуга, раб. Встречается оно в татарских и башкирских именах и прозвищах. Но для фамилии Холомина это маловероятно: суффикс -ин — типично русский, а не тюркский, и если бы фамилия пришла из татарской среды, она скорее имела бы форму Холомов. Поэтому версия с русским диалектным «холомя» надёжнее.

Фамилия редкая. Встречается в основном на Русском Севере, особенно в Архангельской и Вологодской областях, а также в Сибири — в местах, куда переселялись северные крестьяне. Это косвенно подтверждает первую версию: северные говоры как раз сохранили слово «холомя» в значении «возвышенность».

Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов Холоминых в истории не зафиксировано. Фамилия не изменила форму с XVIII века, когда закрепилась в документах, и дожила до наших дней в том же виде.