Фамилия Холоня — редкая и нестандартная по своему строению. В отличие от большинства русских фамилий, которые образуются через суффиксы (-ов, -ин, -ский), она представляет собой застывшую форму прозвища в именительном падеже без какого-либо дополнительного оформления. Такая модель (чистая основа) характерна для украинских, белорусских и южнорусских прозвищных фамилий, а также для фамилий, которые могли быть записаны священником «на слух» сразу в виде прозвища.

Корень «холон-» не лежит на поверхности. Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «холоня». В южнорусских и украинских говорах «холонуть» означает «стыть, охлаждаться, замерзать». Соответственно, «холоня» — это человек, который постоянно зябнет, мерзляк, или же, напротив, прозвище, данное за холодный, неприветливый нрав. Менее вероятна, но возможна связь с существительным «холоп» (крепостной, слуга) через паронимическое сближение: в беглой речи «холопня» (собирательное от «холоп») могло упроститься до «холоня», но это скорее народная этимология, чем строгий лингвистический факт.

Интересно, что фамилия Холоня не встречается в классических сводах русских фамилий (например, у Унбегауна или Веселовского), что указывает на её локальный, возможно, даже единичный характер. Она могла возникнуть в среде однодворцев или казачества, где прозвища часто становились фамилиями без изменений. Географически корни стоит искать в Черноземье или на Слобожанщине — регионах, где говор сохранил такие диалектные формы.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: окончание -я здесь не женское окончание, а часть основы (ср. украинские фамилии типа Голота, Лобода). Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был прозван Холоней за какую-то яркую черту — либо внешнюю (вечно кутался в одежду, дрожал от холода), либо внутреннюю (был сдержан, «холоден» в общении). Никаких документальных подтверждений этой версии в открытых источниках нет, но диалектная логика делает её наиболее правдоподобной.