Фамилия Холяпина — женская форма, образованная от мужской Холяпин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Холяпа. Слово «холяпа» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них стало источником фамилии, стоит заглянуть в диалектную лексику. В северных и центральных областях России «холяпой» называли неловкого, неуклюжего человека, разиню или простофилю. Прозвище давалось по поведению — тому, кто вечно всё ронял, спотыкался или действовал невпопад. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «холяпа» означало «огрызок», «остаток» или «негодная вещь» — такое прозвище могло достаться человеку маленького роста или щуплому.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность, то есть Холяпин — это «сын Холяпы» или «человек из рода Холяпы». Фамилия относительно редкая, и её география тяготеет к центральным и северным регионам России, где диалектное слово «холяпа» бытовало активнее всего. Встречается она и в Поволжье, но там могла появиться позже, в ходе миграций крестьян.

Стоит отметить, что фамилия Холяпин (и Холяпина) не имеет отношения к церковным именам — она чисто прозвищная, а значит, предок носителя получил её за характерную черту, внешность или поведение. В сословном отношении фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянских родословных книгах она не фиксируется, а в ревизских сказках XIX века её носители — в основном государственные и помещичьи крестьяне.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Холяпин стоит в одном ряду с Холявкиным, Холявиным и даже Холоповым, но семантика у них разная. Холяпа — не холоп (крепостной), а именно прозвище по неловкости или внешнему виду. В современном звучании фамилия не несёт негативного оттенка, хотя исходное слово было скорее обидным — как и многие другие русские прозвища, со временем ставшие фамилиями.