Фамилия Хомчиковы принадлежит к древнему пласту русских фамилий, образованных от имени собственного. В её основе лежит производная форма канонического церковного имени Фома, которое в переводе с арамейского означает «близнец». Цепочка преобразований выглядит так: полное имя Фома со временем в народной среде сократилось до формы Хома, от которой, в свою очередь, образовалась уменьшительно-ласкательная форма Хомчик. Именно она и закрепилась в качестве основы фамилии.

Суффикс -ов в окончании указывает на типичную для восточнославянских земель притяжательную модель: Хомчиков буквально означает «сын Хомчика», «наследник Хомчика». Такая схема именования была самой распространённой на Руси в XVI–XVII веках, когда фамилии массово закреплялись за крестьянскими и посадскими родами. То есть предок носителей этой фамилии, скорее всего, был человеком по имени Хомчик — так его звали в семье и в окружении, а его дети и внуки уже писались как Хомчиковы.

Существует и альтернативная гипотеза, которая выводит прозвище Хомчик не от имени, а от нарицательного слова. В вятских говорах бытовал глагол «хомкать» — «кашлять». Согласно этой версии, Хомчиком могли прозвать человека с характерным кашлем или слабым здоровьем. Однако здесь есть любопытный нюанс: родители, надеясь, что сын вырастет здоровым, могли нарочно дать ему такое «обережное» прозвище, чтобы отвести от ребёнка болезнь. Эта практика была широко распространена в народной среде, поэтому версия не лишена оснований.

Какая из гипотез правдоподобнее — вопрос открытый. Ономасты чаще склоняются к первой версии, поскольку имя Фома было очень популярно на Руси, а его производные формы дали жизнь целому гнезду фамилий: Фомин, Хомин, Хомяков, Хомутов. Фамилия Хомчиков органично вписывается в этот ряд. К тому же, вторая версия опирается на узкорегиональную лексику, тогда как имя Хома встречается повсеместно.

О точном месте и времени возникновения фамилии Хомчиков говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий и проходил в разных регионах неравномерно. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о том, что её носители были оседлым населением, крепко связанным со своей землёй. Сегодня фамилия встречается в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её исконно русское происхождение.