Фамилия Хомжукова — женская форма фамилии Хомжуков, и её происхождение упирается в редкое и неочевидное прозвище. Скорее всего, в основе лежит тюркское или монгольское слово «хомжук» (варианты — хомжуг, хомшук). В некоторых тюркских диалектах так называли небольшой кожаный мешочек, кисет для табака или кошель, который носили на поясе. Прозвище Хомжук могли дать либо запасливому, бережливому человеку, который «ничего не терял, всё при себе носил», либо, наоборот, тому, кто постоянно возился с мелочами, копил добро. Вторая линия — возможная связь с диалектным словом «хомзать» (шалить, баловаться, делать что-то исподтишка), но эта версия менее надёжна, так как слово «хомжук» в значении «проказник» нигде не зафиксировано.

Суффикс -ов- в фамилии Хомжуков — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Хомжука». Фамилия образовалась в среде, где русские ойконимические и фамильные модели накладывались на иноязычную основу. Это типично для южнорусских и сибирских регионов, где издавна соседствовали славянские и тюркские народы: Поволжье, Урал, Забайкалье. Встречаемость фамилии Хомжуков/Хомжукова сегодня крайне низкая, и основная масса носителей, по данным открытых источников, сосредоточена в Бурятии и Иркутской области. Это подтверждает версию о монгольском или бурятском корне.

Если отбросить тюркскую гипотезу, остаётся ещё один, уже чисто русский вариант: прозвище от диалектного глагола «хомзить» (воровать, таскать понемногу). В этом случае Хомжук — «вороватый человек, мелкий воришка». Но такой глагол встречается редко и в основном в северных говорах, а география фамилии тянет на восток, поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

В любом случае, перед нами фамилия-прозвище, за которой стоит конкретная черта характера или род занятий предка — либо бережливый хозяин с кисетом, либо человек, которого считали нечистым на руку. Дворянских корней у Хомжуковых нет: фамилия крестьянская, скорее всего, из однодворцев или казаков, что тоже согласуется с сибирским ареалом.