Фамилия Хомукова — женская форма фамилии Хомуков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять корень. Основа «Хомук» — это не полное имя и не очевидное прозвище. Скорее всего, это вариант имени или прозвища Хомяк, где произошла замена «я» на «у» под влиянием местного говора (аканье или замена гласных в диалектах). Хомяк — животное, которое в народной традиции символизировало домовитость, запасливость, иногда медлительность или пухлость. Такие «звериные» прозвища были часты в русских деревнях: их давали по внешности или характеру.

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Хомуков, то есть потомок человека по прозвищу Хомук. Фамилия образована по схеме «прозвище + -ов», что характерно для большинства русских фамилий центральных и северных губерний. Интересно, что форма Хомуков встречается реже, чем Хомяков, что говорит о её локальном бытовании — возможно, на юге России или в Поволжье, где диалекты допускали такое звучание.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским корнем «хом» (песок, холм) или с кавказским «хомук» (нечто круглое, бугор). Однако для русской фамилии с суффиксом «-ов» такая основа нетипична, и если бы она была заимствованной, фамилия чаще выглядела бы как Хомутов или Хомяков. Поэтому версия с «хомяком» остаётся основной.

Географически фамилия Хомукова не массовая. Она встречается в Кабардино-Балкарии и соседних регионах, что может указывать на смешанное происхождение: русское прозвище, адаптированное в среде, где фамилии оформлялись по русскому образцу. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, получившими фамилию после отмены крепостного права в 1861 году, когда прозвища стали официально закрепляться за семьями.

Таким образом, Хомукова — фамилия-прозвище, образованная от диалектного варианта слова «хомяк». Носительница фамилии может считать, что её предок получил это имя за хозяйственность или внешнее сходство с грызуном — без негативного оттенка, а скорее с насмешливой лаской, свойственной деревенскому быту.