Фамилия Хоменка — одна из тех, что сразу выдают украинское происхождение носителя. В основе её лежит суффикс -енк(о), который в украинской ономастике выполняет ту же роль, что и русские -ов/-ев: он указывает на принадлежность или родство. Буквально Хоменка — это «сын Хомы» или «потомок Хомы». В русском языке аналогом звучало бы «Фомин».

Имя Хома — это народная, разговорная форма канонического имени Фома (от арамейского «близнец»). На украинской почве начальное «ф» в просторечии часто заменялось на «х» (сравните: Хведор вместо Фёдор), поэтому из Фомы получился Хома. Таким образом, фамилия Хоменка входит в обширное гнездо однокоренных: Хоменко, Хомяк, Хомин, Хомов.

Интересная особенность — форма Хоменка, а не более привычное Хоменко. В украинском языке фамилии на -енко в именительном падеже мужского рода обычно имеют окончание -о (Петренко, Шевченко). Окончание -а (Хоменка) характерно для женского рода или для диалектных, западных говоров, где фамилии могли склоняться как существительные женского рода. Поэтому Хоменка — это либо «женская» версия фамилии (жена или дочь Хоменко), либо указание на конкретный регион Украины, где закрепилась такая форма.

Социально фамилия не аристократическая. Как и большинство фамилий на -енко, она возникла в среде казачества и крестьянства на территории центральной и левобережной Украины (Гетманщина) в XVII–XVIII веках. Предки носителя фамилии Хоменка были, скорее всего, простыми людьми, чью родословную вели от человека по имени Хома — возможно, вольного казака или ремесленника.