Фамилия Хондакер — одна из тех, чьё происхождение не лежит на поверхности и требует обращения к языкам Востока. Скорее всего, её основа связана с тюркскими или иранскими корнями, где «хонда» (или «хунда») могло означать «солнце», «свет» или «повелитель». Вторая часть — «кер» — распространённый в персидском и тюркском ареалах суффикс, указывающий на деятеля, того, кто делает нечто. Таким образом, Хондакер могло быть прозвищем в значении «солнцеподобный», «сияющий» или «владыка света» — титул, который давали человеку за особую стать, мудрость или положение.

Модель образования фамилии нетипична для русской ономастики. В ней нет славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, которые переделывали бы прозвище в фамилию. Хондакер — это практически калька с исходного восточного имени или прозвища, которое закрепилось в русской среде без изменений. Такое случалось, если носитель был выходцем из татарской, башкирской или кавказской среды, где подобные прозвища бытовали, а затем фамилия попала в документы уже в готовом виде.

Географически фамилия редкая и встречается точечно. Основной ареал — Поволжье, Южный Урал и Закавказье. Можно предположить, что предки Хондакер были либо служилыми людьми из тюркской знати, перешедшими на русскую службу, либо торговцами, осевшими в русских городах. Второй вариант: прозвище могло закрепиться за человеком, носившим яркую одежду или обладавшим светлыми волосами — в тюркской среде «солнечное» прозвище давали не только правителям, но и просто заметным людям.

С точки зрения достоверности, версия с тюркско-персидским корнем «хонда» (солнце/свет) и агентивным суффиксом «-кер» самая обоснованная. Словарь тюркских имен и прозвищ фиксирует близкие формы — например, Хундакер или Хондагяр. Славянская этимология (от «хонд» как якобы искажённого «холод») маловероятна: она не объясняет ни суффикса, ни географии фамилии.

Ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Хонда́кер, что тоже характерно для заимствованных основ. Встречается вариант Хо́ндакер, но он может быть следствием русификации. Письменных упоминаний фамилии в дореволюционных метриках мало, что подтверждает её позднее закрепление в русской среде — в основном в XIX веке, когда начался массовый учёт инородческого населения.