Фамилия Хорохонова — женская форма, а её мужской вариант Хорохонов. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Хорохон. Что оно означало — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть две версии, и обе ведут в диалектную лексику.

Первая и самая вероятная: «хорохон» в северных и сибирских говорах — это задира, забияка, драчун, а также хвастун. Глагол «хорохориться» (важничать, петушиться, храбриться) до сих пор жив в разговорном языке. Прозвище Хорохон давали человеку с бойким, вздорным или показным характером. Вторая версия, менее распространённая, но зафиксированная в словарях: в некоторых областях «хорохон» — это вид одежды, верхняя распашная шуба или кафтан (от тюркского «хорхун» — меховая накидка). Тогда прозвище мог получить либо скорняк, либо человек, носивший такую одежду.

Суффикс -ов- в фамилии Хорохонов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Хорохона». Фамилия образована по продуктивной модели, типичной для XVI–XVII веков, когда прозвища превращались в наследственные родовые имена.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку и Поволжью: она встречается в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это коррелирует с первой версией — северные говоры как раз сохранили слово «хорохон» в значении «задира». Выходит, что предки носителей фамилии были людьми с ярким, возможно, неуживчивым нравом, или же их прозвали так за внешнюю примету — одежду.

В написании фамилии стоит обратить внимание на корень: «хорох-» с двумя «о», а не «харах-» или «хорох-» с одной «о». В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты «Хорохоновъ» и изредка «Хорохановъ» (под влиянием акающего произношения), но нормативным закрепился первый.