Фамилия Хотыгина — женская форма фамилии Хотыгин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Хотыга. Основа фамилии — корень «хот-», который в древнерусском языке имел значение «желать, хотеть» (ср. «хотение», «охота»). В таком случае Хотыга — это человек, которого прозвали за сильное желание, настойчивость или, наоборот, за капризность, своенравие. В старину прозвища с корнем «хот-» (Хотен, Хотина, Хотун) встречались в новгородских и псковских землях, что указывает на возможное северо-западное происхождение фамилии.

Вторая, менее распространённая версия связывает основу с диалектным словом «хотыга» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного человека или того, кто постоянно «хочет» (то есть просит, клянчит). Это прозвище могло закрепиться за человеком с определёнными чертами характера или поведением. Суффикс «-ыг-» здесь редкий и экспрессивный: он встречается в русских фамилиях нечасто (сравните: Балыгин, Ковыгин), что делает Хотыгиных заметными на фоне более типичных образований на «-ов» и «-ин».

Фамилия Хотыгина — патронимическая, то есть образована от имени отца: Хотыга → сын Хотыгин → дочь или жена Хотыгина. Поскольку форма на «-ина» указывает на принадлежность, в крестьянской среде до отмены крепостного права так могли называть женщину по мужу или отцу. Встречаемость фамилии невысока: она распространена в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает связь с древненовгородским ареалом.

Сословно Хотыгины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян Хотыгиных в вотчинах Соловецкого монастыря и в писцовых книгах Белозерского уезда. Это не дворянский род, а фамилия, рождённая из живого прозвища, которое дали предку за его характер или привычку.