Фамилия Хотькина — женская форма фамилии Хотькин, и её происхождение связано с неканоническим именем или прозвищем Хотька. В основе лежит древнерусское слово «хоть» — в диалектах оно означало «желание, охота, воля», а также «любимец, милый». Таким образом, Хотькой могли назвать долгожданного, желанного ребёнка, либо, напротив, человека своенравного, поступающего по своей воле. Это типичная для русской ономастики модель: от уменьшительно-ласкательной формы имени (Хотька) через притяжательный суффикс -ин образовали фамилию, буквально означавшую «чей?» — сын или дочь Хотьки.

Словообразовательный разбор показывает, что суффикс -ин указывает на принадлежность к роду, а основа «хоть-» родственна глаголу «хотеть». В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «хоть» в значении «любовь, охота, склонность», а также «хотёнок» как ласковое обращение к ребёнку. В псковских и тверских говорах «хотька» означало «любимчик, баловень». Следовательно, фамилия могла закрепиться за человеком, которого в семье называли ласково, или за тем, кто отличался упрямством и делал всё «по хотению».

Фамилия Хотькин — редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России, в частности в Рязанской и Тамбовской губерниях, где фиксировались крестьянские роды с таким прозвищем. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия Хотькина распространена нешироко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном или нескольких соседних сёлах и не дала массового расселения.

С точки зрения социального статуса, фамилия Хотькина — крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» нет. Это типичная «уличная» фамилия, которая закрепилась в документах после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным массово записывали прозвища в качестве официальных фамилий. Отсутствие вариантов написания (через «а» или «о» в корне) указывает на устойчивую диалектную основу: «хоть» с ударным «о» не даёт сомнений в произношении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Хотькин стоит в одном ряду с Хотеевым (от Хотей), Хотеновым (от Хотен) и Хотяинцевым (от Хотяй). Все они образованы от той же основы «хот-», но с разными суффиксами. Фамилия Хотькина — самая краткая и, вероятно, самая древняя по форме, так как суффикс -ка в имени Хотька характерен для ранних русских уменьшительных имён.