Фамилия Хоткина — это женская форма, а мужская, Хоткин, в русской традиции образуется по патронимической модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Хоткин, то есть сын Хотки). Основа здесь — Хотка, и именно в ней скрыта главная загадка фамилии.

Хотка — это не полное имя, а производная, уменьшительная форма. Чаще всего её выводят от крестильного имени Фотий (греч. «светлый, светоносный»). В народном произношении начальное «ф» могло заменяться на «хв» или просто «х»: отсюда Хотий, Хотя, а затем через суффикс -к- — Хотка. Так фамилия Хоткин оказывается в одном ряду с более известными Хотиным, Хотяинцевым или Фотиным. Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Хотка от глагола «хотеть»: так могли назвать человека настойчивого, своенравного или, наоборот, того, кто часто менял желания. В старых русских говорах слово «хотка» фиксировалось и в значении «желание, охота», что тоже могло стать основой для прозвища.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сложилась в северных и центральных областях России, где эта модель была распространена шире, чем на юге. Географически Хоткины встречаются нечасто, но заметны в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний — именно там крестьянские фамилии на -ин особенно типичны. Встречается фамилия и у старообрядцев, что косвенно подтверждает связь с каноническим Фотием: это имя было в ходу в среде, сторонившейся нововведений.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не выделяет Хоткина отдельно, но относит подобные образования к типичным русским фамилиям от сокращённых форм крестильных имён. Спектр однокоренных фамилий — Хоткин, Хотков, Хотский — невелик, и все они редки. Таким образом, фамилия Хоткина — это, скорее всего, наследие живого народного произношения церковного имени, закрепившееся в северорусской среде.