Фамилия Ховари — редкий случай, когда носитель почти наверняка происходит из одного конкретного региона, а именно из Мордовии или соседних областей Поволжья. В русском языке такая фамилия не имеет прозрачной внутренней формы, и это первый ключ к разгадке.

Основа «ховар» — искажённое или адаптированное на русский лад мордовское (эрзянское или мокшанское) слово «ковар» или «кувар», которое означает «гриб». В тюркских языках тоже есть близкое «кёбёк» (гриб), но для фамилии Ховари мордовская версия убедительнее из-за географии бытования: фамилия встречается в Мордовии, Чувашии, Нижегородской и Ульяновской областях.

Суффикс «-и» здесь не русский. В русской ономастике типичны суффиксы -ов, -ин, -ский. Окончание «-и» в фамилиях, как правило, указывает на неславянское происхождение. В мордовских и тюркских фамилиях «-и» может быть показателем принадлежности (чей?): «Ховари» буквально означает «грибной», «тот, кто имеет отношение к грибам». Это могло быть прозвище грибника, сборщика грибов или человека, жившего в грибном месте.

Возможна и другая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как русифицированная форма от тюркского имени Ховар (встречается у татар и башкир) с тем же суффиксом принадлежности. В этом случае «Ховари» — «сын Ховара». Но мордовская этимология выглядит более естественной, учитывая, что для финно-угорских народов Поволжья характерны фамилии, образованные от названий растений, животных и природных объектов.

Сословная принадлежность предков-Ховари, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. Это фамилия, которая возникла в народной среде, в зоне активного контакта мордовского и русского населения, и закрепилась в ходе массовой паспортизации XIX–XX веков.