Фамилия Ховавко звучит на украинский лад, и это сразу подсказывает, где искать её корни. Перед нами редкий случай, когда за основу взято не прозвище и не профессия, а библейское личное имя Ховав. В переводе с древнееврейского оно означает «любить» или, по другой версии, «быть хитрым». В Пятикнижии так звали мадиатянина, сына Рагуила, брата Сепфоры и родственника Моисея. Именно Ховав, по просьбе пророка, стал проводником для израильтян и вёл их через пустыню, а позже его потомки, кенеяне, поселились в уделе Иуды к югу от Арада и жили там до времён Саула и Давида.

Словообразовательная модель здесь — классическая для украинских фамилий: личное имя плюс уменьшительный суффикс -ко. Такой формант в XVI–XVII веках массово оформлял фамилии на землях современной Украины и юга России, превращая имя отца в родовое прозвание сына. Ховавко, таким образом, буквально означает «маленький Ховав» или «сын Ховава». Подобным образом строились и другие фамилии от библейских имён, например Абрамко или Давидко.

Важно не путать эту фамилию с ашкеназскими еврейскими фамилиями, которые оформлялись иначе: формантами -сон/-зон («сын»), -ман («человек»), -кинд («ребёнок»), -бейн («кость»), а также -ер и -с. У евреев Израиля встречаются фамилии с суффиксами принадлежности -ис/-ес, -и, приставкой бен- и артиклем Га-. Ховавко к этому ряду не относится: суффикс -ко — восточнославянский, и он указывает на православную или греко-католическую среду, где библейское имя попало в обиход через церковный календарь.

Имя Ховав в святцах встречается нечасто, поэтому и фамилия осталась редкой. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком набожным или получил имя при крещении в честь этого ветхозаветного персонажа, а уже его дети и внуки закрепили отчество в форме Ховавко. Географически фамилия тяготеет к центральной Украине, где уменьшительные формы на -ко были особенно распространены. Точных данных о первых письменных упоминаниях нет, но сама модель образования позволяет датировать появление фамилии не ранее XVII века, когда такие формы стали переходить в наследственные.