Фамилия Хриненко образована по типичной для украинского и южнорусского регионов модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской антропонимии, изначально указывал на сына, то есть «маленького», потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Хрина» или «Хриня». Сразу возникает вопрос: что это за имя?

Самый вероятный источник — производная форма от крестильного имени Харитон (в просторечии Хоритон, Хритон). В народе это имя часто сокращали и переделывали: Хриня, Хрина, Хринька. Харитон в переводе с греческого означает «щедрый, благодатный», так что фамилия в конечном счёте восходит к положительной характеристике. Такая модель сокращения (Хриня от Харитон) вполне обычна — достаточно вспомнить, как от имени Иван получается Ваня, от Дмитрий — Митя. Фамилии Хриненко, Харитонов, Хритоненко, Хриньков — звенья одной цепи, просто закреплённые в разных регионах с разными суффиксами.

Впрочем, нельзя полностью исключать и бытовое прозвище. В южных говорах «хринь» могло означать нечто вроде «хриплый», «сиплый» (от глагола «хрипеть»). Однако такая версия менее убедительна, поскольку для прозвищ по физическому недостатку в украинской среде чаще использовались другие корни (например, Хрипун, Хрипливый). Прямых параллелей с «хрином» как самостоятельным прозвищем в исторических источниках почти нет, тогда как производных от Харитона — множество.

Географически фамилия Хриненко тяготеет к восточным и центральным областям Украины, а также к пограничным районам России (Белгородская, Воронежская, Курская области). Это зона расселения украинского казачества и крестьянства, где фамилии на -енко стали массовыми в XVII–XVIII веках. Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — дворянство в этих краях чаще носило фамилии на -ов или -ский.

Интересная деталь: при переходе в русскую среду фамилия могла писаться через «и» (Хриненко) или, реже, через «ы» (Хрыненко) — это отражение местного произношения, где звук [ы] после твёрдого согласного был нормой. В документах XIX века можно встретить оба варианта, но современная орфография закрепила именно «Хриненко».