Фамилия Хубенко звучит на украинский лад, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение по отцу: «сын Хубы» или «потомок Хубы». Такие фамилии массово формировались на Левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина) в XVI–XVIII веках.

Основа фамилии — прозвище Хуба. Его значение неочевидно, и здесь возможны две основные версии. Первая: диалектное украинское слово «хуба» (или «хубка») — это «головной убор», «шапка». Прозвище могли дать человеку, который носил заметную, необычную шапку или, возможно, торговал головными уборами. Вторая версия отсылает к польскому «chuba» — так в старину называли хвастуна, гордеца, человека с гонором. Учитывая, что фамилии с суффиксом -енко характерны для территорий, долго входивших в состав Речи Посполитой, польское влияние на лексику вполне вероятно.

Менее правдоподобна, но всё же встречается в народных толкованиях версия о связи с тюркским «хуб» (хороший, добрый). Для фамилий на -енко такой корень нетипичен, и без документальных подтверждений эту гипотезу стоит оставить как маловероятную.

Родственными по модели являются фамилии Хубеня, Хубов, а по корню — Хуба, Хубка. Географически фамилия Хубенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. Среди дворянства эта фамилия не отмечена — её носителями, скорее всего, были казаки или крестьяне, что типично для прозвищных фамилий на -енко.