Фамилия Хабенко звучит по-украински, и суффикс -ко в её составе — главное тому подтверждение. В украинской ономастике этот формант выполнял роль уменьшительно-ласкательного или «сыновьего» патронимического показателя: Хабенко буквально означает «маленький Хабень» или, что вероятнее, «сын Хабя». Так что перед нами классическая украинская фамилия, образованная от личного имени или прозвища.

Основой послужило мирское имя Хабень. В древности, до повсеместного распространения церковных календарных имён, такие имена давали не при крещении, а в быту, и они нередко несли в себе пожелание или оберег. Восходит это имя к украинскому слову «хабень», которое переводится как «жалкий», либо к однокоренному глаголу «хабити» — «портить».

На первый взгляд, называть ребёнка «жалким» странно. Но здесь срабатывает древний принцип охранительной магии: имя-оберег должно было отпугнуть злых духов, которые, по поверьям, не позарятся на «никчёмного» младенца. Родители, давая такое имя, желали сыну обратного — чтобы он вырос сильным и храбрым, ушёл от той самой «порчи», что зашифрована в корне. Таким образом, потомок человека по имени Хабень со временем и получил фамилию Хабенко.

Впрочем, есть и более приземлённая версия. В некоторых украинских говорах «хабень» могли использовать как прозвище для озорника или человека, который «хабит», то есть портит дело. Тогда фамилия фиксирует не пожелание, а характеристику конкретного предка — его нрав или привычки.

Стоит отметить, что фамилия Хабенко не слишком распространена, что типично для имён, вышедших из активного употребления ещё в XVII–XVIII веках. Носители её встречаются преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в южнорусских регионах, куда украинские переселенцы приносили свои фамильные модели. Сегодня, как и столетия назад, фамилия остаётся живым напоминанием о том, как простое мирское имя, данное с надеждой на лучшее, закрепилось за целым родом.