Основой фамилии Хабенко послужило мирское имя Хабень. Имя Хабень восходит к украинскому слову «хабень», что в переводе на русский язык означает «жалкий», либо к однокоренному глаголу «хабити» - «портить». Вероятно, родители, давая такое имя младенцу, желали, чтобы он был сильным и храбрым. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хабень, со временем получил фамилию Хабенко. Суффикс -ко дополнительно указывает на украинское происхождение фамилии Хабенко.