Фамилия Хабко чаще всего ведет начало от прозвища Хаба. В украинских диалектах словом «хаба» называли клячу — плохую, изнуренную лошадь. Такое прозвище могли дать либо человеку, который держал подобную лошадь, либо тому, кто сам выглядел худым и изможденным болезнью. Позже прозвище Хаба, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Суффикс -ко в фамилии — типичный для украинской и белорусской традиции. Он придает основе уменьшительно-ласкательный или обиходный оттенок, а в фамилиях такого типа часто указывает на «сына человека с таким прозвищем» или просто на носителя прозвища. То есть Хабко — это, скорее всего, «сын Хабы» или сам человек, которого звали Хаба.

Существует и вторая, менее очевидная версия. Она возводит прозвище к немецкому слову Habe, которое переводится как «имущество, собственность». Если следовать этой гипотезе, фамилия могла указывать на материальное положение предка или на род его занятий, связанный с владением или управлением имуществом. Однако эта версия выглядит менее правдоподобной: для украинской почвы, где фамилия бытует, естественнее опереться на местную лексику, чем на немецкое заимствование без явных следов контакта.

Интересно, что фамилия Хабко не имеет отношения к распространенным русским моделям на -ов и -ин, и это сразу выдает ее западнорусское или украинское происхождение. Встречается она преимущественно в регионах, где исторически жило украинское и белорусское население. Однокоренных фамилий немного, но среди них есть Хаба, Хабенко, Хабула — все они образованы от той же основы и сохраняют след прозвища, связанного с лошадью или внешним обликом человека.